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  1. 2018.10.17 [리눅스] VASP 5.4.4. 설치 - Intel MIC (Xeon Phi, 제온 파이) KNL (Knights landing) 환경
  2. 2018.10.17 [리눅스] VASP 5.4.4 설치 (Intel compiler, impi, MKL, ver. 2017, 2018)
  3. 2018.10.17 [리눅스] FFTW 3.3.7 소스코드 설치 (intel compiler, intel mpi, ver. 2017)
  4. 2018.10.17 [리눅스] FFTW 2.1.5 소스코드 설치 (intel compiler, intel mpi, ver. 2017)
  5. 2009.06.19 리눅스에서 hwp문서 보기 10

[리눅스] VASP 5.4.4. 설치 - Intel MIC (Xeon Phi, 제온 파이) KNL (Knights landing) 환경

In the world/컴퓨터 2018. 10. 17. 11:07

1. 설치 환경

CPU: Intel Skylake

OS: CentOS 7.3

컴파일러: Intel 2017 or 2018

수학라이브러리: Intel MKL 2017 or 2018

MPI: Intel MPI (impi) 2017 or 2018


2. 설치

- 소스코드 다운로드 및 압축 해제

$ tar xvzf vasp.5.4.4.tar.gz

$ cd vasp.5.4.4


- makefile.include 파일 복사

$ cp arch/makefile.include.linux_intel ./makefile.include


- makefile.include 편집


ADDITIONAL_OPTS=-O3 -qopenmp -xMIC-AVX512 -align array64byte
ADDITIONAL_OPTS_CC=-O3 -qopenmp -xCORE-AVX512

# Precompiler options
CPP_OPTIONS= -DMPI -DHOST=\"IFC15_impi\" \
-DCACHE_SIZE=12000 -Davoidalloc \
-DMPI_BLOCK=8000 -DscaLAPACK -Duse_collective \
-DnoAugXCmeta -Duse_bse_te \
-Dtbdyn -Dvasp6 \
-D_OPENMP -DPROFILING -Duse_shmem \
-Dshmem_bcast_buffer -Dsheme_rproj
CPP = fpp -f_com=no -free -w0 $*$(FUFFIX) $*$(SUFFIX) $(CPP_OPTIONS)
FC = mpiifort -qopenmp -mkl=parallel ${ADDITIONAL_OPTS}
FCL = mpiifort -mkl=parallel ${ADDITIONAL_OPTS}
FREE = -free -names lowercase
FFLAGS = -assume byterecl
OFLAG = ${ADDITIONAL_OPTS}
OFLAG_IN = $(OFLAG)
DEBUG = -O0
MKL_PATH = $(MKLROOT)/lib/intel64
BLAS =
LAPACK =
BLACS = -L$(MKLROOT)/lib/intel64 -lmkl_blacs_intelmpi_lp64
SCALAPACK = $(MKL_PATH)/libmkl_scalapack_lp64.a $(BLACS)
OBJECTS = fftmpiw.o fftmpi_map.o fftw3d.o fft3dlib.o
INCS =-I$(MKLROOT)/include/fftw
LLIBS = $(SCALAPACK) $(LAPACK) $(BLAS)
OBJECTS_O1 += fft3dfurth.o fftw3d.o fftmpi.o fftmpiw.o
OBJECTS_O2 += fft3dlib.o

# For what used to be vasp.5.lib
CPP_LIB = $(CPP)
FC_LIB = $(FC)
CC_LIB = icc
CFLAGS_LIB = -O
FFLAGS_LIB = ${ADDITIONAL_OPTS}
FREE_LIB = $(FREE)
OBJECTS_LIB= linpack_double.o getshmem.o

# For the parser library
CXX_PARS = icpc
LIBS += parser
LLIBS += -Lparser -lparser -lstdc++

# # Normally no need to change this
SRCDIR = ../../src
BINDIR = ../../bin

#================================================
# GPU Stuff

CPP_GPU    = -DCUDA_GPU -DRPROMU_CPROJ_OVERLAP -DUSE_PINNED_MEMORY -DCUFFT_MIN=28 -UscaLAPACK

OBJECTS_GPU = fftmpiw.o fftmpi_map.o fft3dlib.o fftw3d_gpu.o fftmpiw_gpu.o

CC         = icc
CXX        = icpc
CFLAGS     = -fPIC -DADD_ -Wall -openmp -DMAGMA_WITH_MKL -DMAGMA_SETAFFINITY -DGPUSHMEM=300 -DHAVE_CUBLAS

CUDA_ROOT  ?= /usr/local/cuda/
NVCC       := $(CUDA_ROOT)/bin/nvcc -ccbin=icc
CUDA_LIB   := -L$(CUDA_ROOT)/lib64 -lnvToolsExt -lcudart -lcuda -lcufft -lcublas

GENCODE_ARCH    := -gencode=arch=compute_30,code=\"sm_30,compute_30\" \
                   -gencode=arch=compute_35,code=\"sm_35,compute_35\" \
                   -gencode=arch=compute_60,code=\"sm_60,compute_60\"

MPI_INC    = $(I_MPI_ROOT)/include64/ 


- 설치

$ make


끝.

:

[리눅스] VASP 5.4.4 설치 (Intel compiler, impi, MKL, ver. 2017, 2018)

In the world/컴퓨터 2018. 10. 17. 11:01

1. 설치 환경

CPU: Intel Skylake

OS: CentOS 7.3

컴파일러: Intel 2017 or 2018

수학라이브러리: Intel MKL 2017 or 2018

MPI: Intel MPI (impi) 2017 or 2018


2. 설치

- 소스코드 다운로드 및 압축 해제

$ tar xvzf vasp.5.4.4.tar.gz

$ cd vasp.5.4.4


- makefile.include 파일 복사

$ cp arch/makefile.include.linux_intel ./makefile.include


- makefile.include 편집


ADDITIONAL_OPTS=-O3 -qopenmp -xCORE-AVX512 -align array64byte
ADDITIONAL_OPTS_CC=-O3 -qopenmp -xCORE-AVX512

# Precompiler options
CPP_OPTIONS= -DMPI -DHOST=\"IFC15_impi\" \
-DCACHE_SIZE=12000 -Davoidalloc \
-DMPI_BLOCK=8000 -DscaLAPACK -Duse_collective \
-DnoAugXCmeta -Duse_bse_te \
-Dtbdyn -Dvasp6 \
-D_OPENMP -DPROFILING -Duse_shmem \
-Dshmem_bcast_buffer -Dsheme_rproj
CPP = fpp -f_com=no -free -w0 $*$(FUFFIX) $*$(SUFFIX) $(CPP_OPTIONS)
FC = mpiifort -qopenmp -mkl=parallel ${ADDITIONAL_OPTS}
FCL = mpiifort -mkl=parallel ${ADDITIONAL_OPTS}
FREE = -free -names lowercase
FFLAGS = -assume byterecl
OFLAG = ${ADDITIONAL_OPTS}
OFLAG_IN = $(OFLAG)
DEBUG = -O0
MKL_PATH = $(MKLROOT)/lib/intel64
BLAS =
LAPACK =
BLACS = -L$(MKLROOT)/lib/intel64 -lmkl_blacs_intelmpi_lp64
SCALAPACK = $(MKL_PATH)/libmkl_scalapack_lp64.a $(BLACS)
OBJECTS = fftmpiw.o fftmpi_map.o fftw3d.o fft3dlib.o
INCS =-I$(MKLROOT)/include/fftw
LLIBS = $(SCALAPACK) $(LAPACK) $(BLAS)
OBJECTS_O1 += fft3dfurth.o fftw3d.o fftmpi.o fftmpiw.o
OBJECTS_O2 += fft3dlib.o

# For what used to be vasp.5.lib
CPP_LIB = $(CPP)
FC_LIB = $(FC)
CC_LIB = icc
CFLAGS_LIB = -O
FFLAGS_LIB = ${ADDITIONAL_OPTS}
FREE_LIB = $(FREE)
OBJECTS_LIB= linpack_double.o getshmem.o

# For the parser library
CXX_PARS = icpc
LIBS += parser
LLIBS += -Lparser -lparser -lstdc++

# # Normally no need to change this
SRCDIR = ../../src
BINDIR = ../../bin

#================================================
# GPU Stuff

CPP_GPU    = -DCUDA_GPU -DRPROMU_CPROJ_OVERLAP -DUSE_PINNED_MEMORY -DCUFFT_MIN=28 -UscaLAPACK

OBJECTS_GPU = fftmpiw.o fftmpi_map.o fft3dlib.o fftw3d_gpu.o fftmpiw_gpu.o

CC         = icc
CXX        = icpc
CFLAGS     = -fPIC -DADD_ -Wall -openmp -DMAGMA_WITH_MKL -DMAGMA_SETAFFINITY -DGPUSHMEM=300 -DHAVE_CUBLAS

CUDA_ROOT  ?= /usr/local/cuda/
NVCC       := $(CUDA_ROOT)/bin/nvcc -ccbin=icc
CUDA_LIB   := -L$(CUDA_ROOT)/lib64 -lnvToolsExt -lcudart -lcuda -lcufft -lcublas

GENCODE_ARCH    := -gencode=arch=compute_30,code=\"sm_30,compute_30\" \
                   -gencode=arch=compute_35,code=\"sm_35,compute_35\" \
                   -gencode=arch=compute_60,code=\"sm_60,compute_60\"

MPI_INC    = $(I_MPI_ROOT)/include64/ 


- 설치

$ make


끝.

:

[리눅스] FFTW 3.3.7 소스코드 설치 (intel compiler, intel mpi, ver. 2017)

In the world/컴퓨터 2018. 10. 17. 10:39

1. 설치 환경

CPU: intel skylake
OS: CentOS 7.3
컴파일러: intel 2017
MPI: impi 2017

2. 설치 과정

(1) 소스 코드 다운로드: http://www.fftw.org/download.html
(2) configure 파일 수정

- Intel MPI C 컴파일 명령어 추가

  (line 13951)

원본: for ac_prog in mpicc hcc mpcc mpcc_r mpxlc
수정: for ac_prog in mpiicc mpicc hcc mpcc mpcc_r mpxlc

(3) configure 실행

$ tar xvzf fftw-3.3.7.tar.gz
$ cd fftw-3.3.7
$ export CXX=mpiicpc
$ export CC=mpiicc
$ export F77=mpiifort
$ export FC=mpiifort
$ export F90=mpiifort
$ export CFLAGS="-O3 -ip -ftz -xCORE-AVX512 -fPIC -shared-intel"
$ export FFLAGS="-O3 -ip -ftz -xCORE-AVX512 -fPIC -shared-intel"
$ export FCFLAGS="-O3 -ip -ftz -xCORE-AVX512 -fPIC -shared-intel"
$ export CXXFLAGS="-O3 -ip -ftz -xCORE-AVX512 -fPIC -shared-intel"
$ ./configure --prefix=/opt/fftw2 \
--enable-shared=yes --enable-threads --enable-mpi --with-openmp

※ prefix 옵션은 설치할 경로로 설정

(4) 설치

$ make
$ make install

끝.

:

[리눅스] FFTW 2.1.5 소스코드 설치 (intel compiler, intel mpi, ver. 2017)

In the world/컴퓨터 2018. 10. 17. 10:33
1. 설치 환경

CPU: intel skylake
OS: CentOS 7.3
컴파일러: intel 2017
MPI: impi 2017

2. 설치 과정

(1) 소스 코드 다운로드: http://www.fftw.org/download.html
(2) configure 파일 수정

- OpenMP 옵션을 intel 컴파일러 옵션에 맞게 수정
  (line 12433, 12476, 12553, 12596)

원본: CFLAGS="$save_CFLAGS -mp"
수정: CFLAGS="$save_CFLAGS -qopenmp"

- Intel MPI C 컴파일 명령어 추가
  (line 13951)

원본: for ac_prog in mpicc hcc mpcc mpcc_r mpxlc
수정: for ac_prog in mpiicc mpicc hcc mpcc mpcc_r mpxlc

(3) configure 실행

$ tar xvzf fftw-2.1.5.tar.gz
$ cd fftw-2.1.5
$ export CXX=mpiicpc
$ export CC=mpiicc
$ export F77=mpiifort
$ export FC=mpiifort
$ export F90=mpiifort
$ export CFLAGS="-O3 -ip -ftz -xCORE-AVX512 -fPIC -shared-intel"
$ export FFLAGS="-O3 -ip -ftz -xCORE-AVX512 -fPIC -shared-intel"
$ export FCFLAGS="-O3 -ip -ftz -xCORE-AVX512 -fPIC -shared-intel"
$ export CXXFLAGS="-O3 -ip -ftz -xCORE-AVX512 -fPIC -shared-intel"
$ ./configure --prefix=/opt/fftw2 \
--enable-shared=yes --enable-threads --enable-mpi --with-openmp

※ prefix 옵션은 설치할 경로로 설정

(4) 설치

$ make
$ make install

끝.


:

리눅스에서 hwp문서 보기

In the world/컴퓨터 2009. 6. 19. 18:06
업무용으로 리눅스를 사용하면 제일 먼저 다가오는 장벽은 hwp 파일이다.
최근에 haansoft 에서 리눅스용 한컴오피스2008을 내놓았다는 반가운 소식을 접했다.
http://www.haansoft.com/hnc/product/office_2008Linux01.jsp
60일 체험판이 있기에 다운로드 하였다.

흠.. 그런데 파일이름에 "32"가 좀 거슬렸다. (HOffice2008_trial_32_080616.tar.gz)
fedora10 64버전을 사용하고 있기 때문에 라이브러리 관련하여 링크에러가 발생할 것만 같은 오싹한 기운이 느꼈다.

/usr/local/hwp 를 만들고
압축을 풀었더니, "haansoft-office7-installer" 파일 하나와 몇개의 하위 디렉토리가 만들어진다.
여기까진 좋았다.

./haansoft-office7-installer 실행

./haansoft-office7-installer: error while loading shared libraries: librpm-4.4.so: cannot open shared object file: No such file or directory

librpm-4-4.so를 못찾는단다.. 뭐 이런 경우야 흔한 것이니 /usr/lib 에다가 링크하나 만들어 주었다.

ln -s /usr/lib64/librpm-4-6.so /usr/lib/librpm-4-4.so

결과는 다음과 같다.

./haansoft-office7-installer: error while loading shared libraries: librpm-4.4.so: wrong ELF class: ELFCLASS64

여기서 포기.. >.<

인스톨 프로그램이 스크립트도 아니고 바이너리라서 손볼수도 없다 ;;

차선 책으로 Vmware나 wine 같은 걸로 해볼까 하다가.. 파일하나 열기위해 그건 좀 삽질인듯 하여 생각을 접었다.

결국 검색하다가 아래 사이트 하나 발견

http://member.thinkfree.com/member/goLandingPage.action

Thinkfree 라고 하는 인터넷 오피스 사이트인데.. 다른 서비스는 잘 모르겠고 오피스 설치 없이 파일을 볼 수 있단다.

hwp파일을 선택하고 클릭하니 정말 내용이 보인다.

편집은 불가능하지만 공문서 같은거 급하게 확인하기엔 유용한 것 같다.
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